Kampus-kampus yang meliburkan mahasiswanya adalah Universitas Gadjah Mada (UGM), Universitas Pembangunan Nasional (UPN) Veteran, Universitas Ahmad Dahlan (UAD), Universitas Islam Indonesia (UII), Universitas Negeri Yogyakarta (UNY), dan Universitas Atma Jaya Yogyakarta (UAJY).
UPN dan UAJY meliburkan mahasiswanya setidaknya hingga 7 November mendatang. Perkuliahan di UGM, UNY, dan UII diliburkan hingga 13 November. UII bahkan baru akan kembali aktif menyelenggarakan perkuliahan pada 18 November, usai libur Idul Adha. Sedangkan UAD tidak menentukan hingga kapan mereka menghentikan kegiatan akademik sebagai imbas letusan Gunung Merapi.
Sementara, ada juga kampus di Yogyakarta yang merasa belum perlu meliburkan perkuliahan seperti Universitas Sanata Dharma (USD).
Halaman muka situs USD pada Jumat (5/11/2010) siang menampilkan pengumuman yang berbunyi, "Enam kampus USD masih dalam wilayah aman. Dua kampus, di Paingan dan Kentungan, sedang menerima para pengungsi. Para dosen dan mahasiswa sedang dikoordinasi untuk membantu para pengungsi. Kegiatan lain masih berjalan sesuai dengan rencana dan berjalan sesuai jadwal akademik."